Seit dem Altertum wird der Schwarzkümmel, auch «Gold der Pharaonen» genannt, als Heilmittel geschätzt. Der Wirkstoff besitzt vorbeugende und heilende Wirkungen. Am besten untersucht ist der Schwarzkümmel bei den «Wohlstands-Krankheiten» Diabetes mellitus, Hypertonie und Hyperlipidämie.
In Studien besserten die Samen und das Samenöl des Schwarzkümmels auch die Beschwerden bei allergischen Erkrankungen wie Heuschnupfen, Asthma und Ekzemen sowie Autoimmun-Krankheiten wie entzündliches Rheuma, Hashimoto-Schilddrüsenentzündung und die Weissfleckenkrankheit. Eine Begleittherapie mit Schwarzkümmel erscheint deshalb bei Autoimmun-Krankheiten und allergischen Erkrankungen sinnvoll. Als immunmodulierendes, sicheres Nahrungsergänzungsmittel kann das Öl zur Linderung der Beschwerden beitragen.
Volksmedizinisch wird Schwarzkümmel als verdauungsförderndes Mittel, zur Stärkung des Immunsystems bei Erkältungserkrankungen, bei Wurmbefall und als Hautpflegemittel eingesetzt.